1 数据库介绍

  CTD数据库(Comparative Toxicogenomics Database)整合大量化学物质、基因、功能表型和疾病之间相互作用数据,为疾病相关环境暴露因素及药物潜在作用机制研究提供极大便利,自于2004年发布以来一直是广受好评。该数据库目前更新至2021年版本,总计超过4664万上述相互作用数据,包括超过230万种化学物质、46689个基因、4340个表型和7212种疾病信息。
  CTD数据库主要有六大功能:
   1. 查询和疾病相关的基因;
   2. 查询和疾病相关的化学物质;
   3. 查询与基因或蛋白相互作用的化学物质;
   4. 查询与化学物质相互作用的基因或蛋白;
   5. 查询基因/蛋白与化学物质相互作用参考文献;
   6. 查询化学物质相关GO功能条目;
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   主页右侧栏,上半部分为快速检索框,下拉菜单可以选择需要检索的信息类型;下半部分为数据库分别在化学物质、疾病和基因方面的数据更新信息。
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   数据库主页面功能菜单栏:Home下拉可见该数据各种介绍;Search下拉为数据库各种检索功能模块;Analysis下拉为数据库各种分析功能模块;Download菜单提供数据库数据下载链接;Help下拉有常见问题和数据库使用指南。Home和Help菜单,感兴趣的小伙伴可以自行浏览,Search、Analysis和Download三大核心功能板块,接下来将给大家做详细介绍和操作演示。
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2 数据库功能及操作演示

2.1 检索模块

   首先点击All Search可见该数据库各个检索子模块的具体功能。Chemicals化学物质检索子模块,可以访问物质结构、毒理学数据,以及与之相关的基因、GO条目、疾病、通路和参考文献信息。Diseases疾病检索子模块,可以浏览人类疾病相关的化学物质、基因通路和参考文献。Genes基因检索子模块,可以关键词Gene symbol、Accession ID、物种、化学物质、相互作用类型、疾病或GO注释条目进行检索,获得相关基因/蛋白质信息。Chemical–Gene Interactions化学物质与基因相互作用检索子模块,基于文献检索跨物种的化学物质与基因/蛋白质相互作用信息。Chemical–Phenotype Interactions化学物质与表型相关检索子模块,基于文献检索跨物种的化学物质与表型相关信息。

   References参考文献检索子模块,按基因、物种、化学物质,化学物质与基因相互作用类型、疾病、引用信息或Accession ID检索参考文献。Gene Ontology (GO)和Pathway检索子模块,浏览带有功能注释的基因和疾病相关性信息。Organisms按照物种查询基因表达信息。Exposure Studies Query和Exposure Details Query子模块,可以关键词如化学物质、基因、疾病、表型、受体描述、国家/地区,作者和/或标题/摘要等检索与暴露事件相关的研究和声明。Batch Query提供批量检索功能。
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应用一

检索与已知化学物质有关的基因/蛋白、疾病、表型和GO/pathway信息

   点击Chemicals进入检索页面,可以按照化学物质分类进行逐级浏览,或在左上角检索感兴趣的物质。与该化学物质相关的基因、疾病、参考文献和表型都有不同的符号标志,页面下方有注释。
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