2.Edit 菜单
Edit
菜单包括编辑被选择的对象和使用剪贴板的命令。
注意:本菜单的内容随着文档类型的不同而不同。
表格文档的编辑菜单
所有的编辑菜单都包含一下菜单项:
Undo
:撤销上一次动作。
Redo
:重做上一次取消的动作。
Cut
:剪切当前文档中选择的对象到剪贴板中。
Copy
:拷贝当前文档中选择的对象到剪贴板中。
Paste
:粘贴剪贴板中的内容到当前文档中。
Delete
:删除当前文档中选择的对象。
Select All
:选择当前文档中的所以对象
三维模型文档的 Edit 菜单
另外,当当前文档为三维模型文档时,
Edit
菜单还包括:
Insert From…
:读入指定的文件内容到当前三维模型文档中。这个命令会加和分子或
晶体结构中与体积有关的数据或从黑塞矩阵中读出数据。
Atom Selection
:
打开
Atom Selection
对话框,可以按原子的性质不同来选择结构中的
原子。
Edit Sets
:打开
Edit Sets
对话框,可以处理存在于三维模型文档中的原子集合。
Find Patterns
:打开
Find Patterns
对话框,可以在当前三维模型文档中寻找在另一个文
档中出现的结构模式。
文本文档 Edit 菜单
当文本文档处于活动状态时,
Edit
菜单还包括:
Find….
:打开
Find
对话框,可以在当前文档中搜索特定的字符串。
超文本文档 Edit 菜单
当超文本文档处于活动状态,
Edit
菜单还包括:
Edit Mode
:提示当前超文本文档处于编辑模式。在编辑模式中,你可以在
Text Viewer
中编辑、剪切、拷贝、粘贴、删除、保存和打印文件。
Browse Mode
:提示当前超文本文档处于浏览模式。浏览模式下文件以在
Web
浏览器
中显示的方式显示。
图形文档 Edit 菜单
图表文档处于活动状态时,
Edit
菜单还包括:
Deselect All
:全部不选择当前文档中的对象。
Delete Graphs
:打开
Delete Graphs
对话框,可以删除指定图形。
3.View 菜单
View
菜单包括改变
Materials Studio
的显示外观的命令,包括工具条、浏览器和状态栏
的显示与否,工程日子和
3D Viewer
的显示参数。
注意
:此菜单的内容随着活动文档类型的不同而不同。
标准 View 菜单
所以
View
菜单包括以下菜单项:
Toolbars
:显示所有
Materials Studio
的工具条列表,让你可以选择每一个工具条是否可
见。
Explorers
:显示所有
Materials Studio
的浏览器列表,可以选择每一个浏览器是否可见。
Status Bar
:设置状态栏是否可见。
Project Log
:显示当前工程的工程日志。
三维模型文档 View 菜单
另外,当前文档为三维模型时,
View
菜单还包括:
Display Style
:打开
Display Style
对话框,改变结构或选择的原子的显示样式。
Display Options
:打开
Display Options
对话框,可以设置显示三维结构的显示参数。
Lighting
:打开
Lighting
对话框,控制固体结构显示时的照明方式。
Label
:打开
Label
对话框,建立性质标签并设置个性化文本标签。
4.Modify 菜单
Modify
菜单包括影响当前窗口显示对象的性质的命令。
Modify
菜单
它包括以下菜单项:
Element Properties
:打开
Element Properties
对话框,可以查看编辑元素性质,包括显
示颜色、原子半径和原子质量。
Charges
:打开
Charges
对话框,可以计算或设置原子电荷,定义电荷基团。
Constraints(约束)
:打开
Edit Constraints
对话框,定义原子位置、晶格参数、相互距离、角度 和转矩上的约束。
Modify Element(修改元素)
:显示常见元素列表和元素周期表,你可以改变选择原子的元素种类。
Modify Bond Order
:显示不同的原子种类,可以改变所选原子的键种类。
Modify Hybridization
:显示一系列不同氢键选项,可以改变所选原子的氢键。
Adjust Hydrogen
:计算所选原子或整体结构的氢原子数量和位置。
5.Build 菜单
Build 菜单包含建立高聚物、晶体、表面和分层结构的命令。
Build 菜单
它包括以下菜单项:
Build Polymers:显示以下建立高聚物的选项。
建立高聚物选项
Homopolymer(聚集物)
:打开
Homopolymer
对话框,建立不同取向和立构规整度均聚物链。
Block Copolymer(嵌段共聚物):打开 Block Copolymer 对话框,可以建立不同取向和立构规整
度的嵌段共聚物和交替共聚物链。
Random Copolymer(无规则共聚物链)
:打开
Random Copolymer
对话框,可以建立不同取向、不同立 构规整度和不同条件几率的无规共聚物链。
Dendrimer(树状晶、分子树)
:打开
Dendrimer
对话框,可以建立树状晶。
Repeat Unit(重复晶胞)
:打开
Repeat Unit
对话框,包含从所选部分建立重复单元的选项。
Branch Points(分支点)
:打开
Branch Pointer
对话框,可以在存在的重复单元上添加分支点
或者修改已经定义的分子点。
Bonds(键连接)
:提供
Bond Caculation
对话框,可以使用指定条件计算当前三维模型中原子间的 键。
Close Contacts(密堆积)
:提供
Close Contact Caculation
对话框,可以使用指定条件计算当前三 维模型中原子间密堆积。
H
-
Bonds
:提供
Hydrogen Bond Caculation
对话框,可以使用指定条件计算当前三维模
型中的氢键。
Build Layers(构建层状结构)
:打开
Build Layers
对话框,可以由其它表面和晶体建立层状结构。
Crystals:显示下面创建晶体选项:
晶体选项
Build/Rebuild Crystal….:打开 Build Crystal 对话框,从它们的组成、指定对称性 建立晶体,查看和修改晶格参数。
Build Vacuum Slab….:打开 Build Vacuum Slab Crystal 对话框,可以从表面创建晶体。
Surfaces:显示下列建立表面菜单:
表面菜单选项
Cleave Surface
:打开
Cleave Surface
对话框,可以沿着指定方向剪切晶体,创建表
面。
Build/Rebuild Surface….
:打开
Build Surface
对话框可以从组成元素、对称性建立
表面,查看编辑晶格参数。
Add Atoms
:打开
Add Atoms
对话框,可以向当前文档添加指定氧化态、占有率和原子
温度因子的原子。
Symmetry:显示下列对称性选项:
对称性菜单项
Show Symmetry(展示对称性)
:打开
Show Symmetry
对话框,显示当前结构的对称性信息。
Lattice Parameters(晶胞参数)
:打开
Lattice Parameters
对话框,可以显示编辑当前晶体或表面的晶格基矢的长度和夹角。
Find Symmetry….(寻找对称性)
:打开
Find Symmetry
对话框,可以寻找当前晶体或非周期结构的对称性并应用它。
Unbuild Crystal/Surface(取消建立)
:取消当前建立的晶体或表面。
Nonperiodic Superstructure(非周期结构)
:从无限晶体或表面中产生一个有限部分。
Make P1/Make p1
:
从当前晶体或表面中去掉除平移周期性以外的其它对称性。
SuperCell
:打开
SuperCell
对话框,从当前晶体或表面建立一个超晶胞。
Redefine Lattice(重定义晶格参数)
:打开
Redifine Lattice
对话框,根据当前已经存在的晶体或表面,重新定义新的晶格矢量。
Primitive Cell/Rhombohedral Representation(转换为原胞)
:把当前不是以原胞结构显示的晶体或表 面结构转换为原胞结构。
Conventional Cell/Hexagonal Representation
:把当前不是以晶胞显示的晶体或表面以
晶胞显示
Tools
菜单包括操作当前窗口中对象的命令,如查找等同原子、预览反应和振动分析。
它也包括打开服务器控制窗口和选项对话框。
注意:此菜单内容随着活动文档类型的不同而不同。
标准 Tools 菜单
所有
Tools
菜单都包括以下菜单项:
Server Console
:打开服务器控制窗口,查看运行在服务器上的任务。
Options….
:打开选项对话框,包含以下选项卡:
General
选项卡用来改变
Materials Studio
环境默认设置。
Folder Locations
选项卡用来改变
Materials Studio
使用的目录位置。
Graphics
选项卡用来改变
Materials Studio
默认绘图设置。
另外,当三维模型文档为当前活动文档时,
Tools
菜单还包括:
Find Equivalent Atoms
:打开
Find Equivalent Atoms
对话框,在当前文档中查找与出现
在另一文档中出现的等同的原子。原子匹配对于使用
Reaction Preview
对话框浏览反应路径
是必须的。
Reaction Preview
:打开
Reaction Preview
对话框,可以在反应物和化学反应生产物之间
使用内插法确定反应路径。
Vibrational Analysis
:打开
Vibrational Analysis
对话框,可以在合适的三维模型文档中
计算分子的振动模式。
7.Modules 菜单
Modules
菜单提供使用你安装了的
Materials Studio
模块的方法。
注意
:此菜单随着已经安装了的模块的不同而不同。
模块菜单
模块菜单包括一些或全部下述菜单项:
Amorphous Cell
:提供
Amorphous Cell
模块中的工具,可以建立复杂无定型系统中的
代表性模型并预测它们的性质。
CASTEP
:提供
CASTEP
模块中的工具,可以进行第一原理量子力学计算,研究如半
导体、陶瓷、金属、矿物和浮石等晶体或表面的性质。
Dmol3
:
提供
Dmol3
模块中的工具,可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算,分析
分子和周期系统。
PDP
:提供
PDP
模块中的工具,可以进行大尺度长时间的介观动力学模拟。
Discover
:提供
Discover
经典模拟模块中的工具,可以优化分子结构,计算电子经典轨
道,分析很大范围内的结构和轨道的性质。
Equilibria
:提供
Equilibria
模块中的工具,可以确定烷烃和其它小分子结构的相图。
Forcite
:提供
Forcite
模块中的分子动力学工具,可以研究很大范围内的系统。它最主
要的近似是原子核运动所处的势场用经典力场代替。
MesoDyn
:提供
MesoDyn
模块中的工具,可以研究复杂流体动力学和在大尺度长时间
中的平衡状态。
Reflex
:提供
Reflex
和
Relex Plus
模块中的工具,可以查看、模拟、索引和精修粉末衍
射的数据,求解晶体结构。
VAMP
:提供
VAMP
模块中的工具,可以使用半经验量子力学算法模拟气体和溶液中
的反应和性质。
8.Window 菜单
Window 菜单包括组织显示打开文档窗口的命令。
Window 菜单
它包括以下菜单项:
Tile Horizontally
:水平平铺所以打开的文档窗口。
Tile Vertically
:垂直平铺所有打开的文档窗口。
Cascade
:重叠显示当前工程中打开的窗口。
Arrange Icons
:在窗口左边整齐显示所有最小化的窗口。
Close All
:关闭当前工程中所有打开的窗口。
Windows….
:打开
Windows
对话框,管理已经打开文档的窗口。
9.Help 菜单
Help
菜单包括获得
Materials Studio
帮助系统或其它在线信息的命令。
Help 菜单
它包括以下菜单项:
Help Topics
:显示
Materials Studio Help Viewer
。所有帮助主题都列在目录栏。
Using Help
:显示怎样使用帮助的主题。
Getting Started
:显示开始使用
Maerials Studio
的帮助主题,包括:
z
安装和系统需求。
z
许可。
z
从老版本升级。
z
简单演示
Tutorials
:显示已安装
Materials Studio
模块的演示。
Accelys on the Web
:浏览
Accelrys
主页。
Materials Studio Home Page
:浏览
Materials Studio
主页
About
:显示有关
Materials Studio
安装的信息。
9.Explorers 菜单
Materials Studio
集成了几个管理器。可以快速方便的浏览显示数目较多的条目。
Materials
Studio
包括以下管理器。
Project Explore
Properties Explore
job Explore
Project Explore Materials Studio 运行组织逻辑上有关的文档成一个集合,称之为工程。可以使用
Project Explore 查看属于一个工程的文档。
Project Explore
Project Explore 在 Materials Studio 启动时默认打开的。View|Explorers|Project Explorer 菜单命令可以控制它的显示。
Project Explorer 中包括一个工程管理明理的快捷工具条,和工程文档和目录的管理器方式的视图。在一项上面右击鼠标,显示工程管理器快捷菜单,包含所有适用的命令。
一些 Materials Studio 模块运行你自动或使用 Modules 工具条或 Modules 菜单中的 Save Settings…选项在一个特定类型文档中保存它们的当前设置。这种文件在 Project Explorer 中 以蓝色并以相应模块的图标显示,它名字后面加上相应工具的名字。 Materials Studio 工程使用当前文件夹的概念。当 Materials Studio 创建或导入文档时,文 档放在当前文档目录中。当前目录是这样确定的:
1.
如果一个文件夹或最高级别的工程项选定,它就是当前文件夹。
2.
如果选择的是一个文档,它所在的目录就是当前目录。
当前目录在
Project Explore
中以黑体显示。
提示:
Materials Studio
创建的文档拥有不同的扩展名(如:
.xsd
,
.xgd
,
.txt
等),在
Project
Explorer
中同时看到文件名和扩展名是很有用的。
如果
Project Explore
没有显示文件扩展名(如显示
3D Model Document
,而不是
3D Model
Eocument.xsd
),你可以在
Windows
浏览器中修改文件夹选项。如下:
1.
在
Windows
浏览器中(操作系统显示文件的窗口)中选“视图”菜单(在
Windows
Me
和更新的系统中选“工具”菜单)。
2.
在文件夹选项对话框中“查看”选项卡。
3.
“隐藏已知文件类型的扩展名”项不要选住。
4.
按“确定”按钮。
5.
从启动
Materials Studio
。
Properties Explorer
Properties Explore
显示在三维文档或图形文档中选定的对象的属性。对象包括图形标
记、原子、键、分子等。当选择多个对象时,显示它们的共同属性。
Properties Explore
Materials Studio
启动时默认不显 示
Properties Explorer
。你可 以通过
View|Explorers|Properties Explorer
菜单命令控制它的显示与否。
你可以通过双击属性列表中适当的显示栏来编辑属性的值。双击时,显示一个对话框,
键入新值。对话框的类型根据属性的不同而不同。
Properties Explorer
顶部的
Filter
显示活动文档中选定对象的类型。从
Filter
列表中选择
一直对象类型后
Properties Explorer
就只显示那类对象的性质。
当选定一种以上对象类型(
Filter
没有设置为
All
),属性列表只显示选定对象的共有属
性。属性的值只在所有选定的对象都有相同的值时才显示。
并不是所有的属性都可以编辑。不能编辑的属性以灰色显示。
注意
:现在,
automatic hydrogen adjustment
(自动氢原子调整)在用
Properties Explore
改变原子和键的属性后不会自动执行。
Job Explorer
任务管理器提供轻松管理工程任务功能。你可以使用任务管理器查看操作属于此工程的
任务。
Job Explorer
第一次运行
Materials Studio
时
Job Explore
不显示。你可以通过
View|Explorers|Job
Explorer
菜单命令控制它的显示。
Job Explorer
包括工程所属任务的列表,不同列显示任务的不同信息。默认情况下,列
表安顺序包含以下列:
Description
:任务的文本描述。
Job ID
:任务的唯一的识别码。
z
Gateway
:运行此任务的机器及端口。
Server
:任务使用的服务器程序。
Status
:任务状态。
Progress
:任务以百分比显示的进度。
Start Time
:任务开始时的日期和时间。
Results folder
:结果将要保存到的目录。
你可以自定义这些列的显示顺序、宽度以及是否显示,以便更好地显示对你最重要的信
息。
工具条
你可以使用工具条上的命令按钮快速执行常用命令。
使用
View
菜单关闭或显示工具条,也可以在一个工具条上右击鼠标显示快捷菜单来控
制菜单条的显示。
三维视图工具条
三维视图工具条可以操纵处理显示在三维窗口中的对象。
动画工具条
原子和键工具条
Calculate Bonds
:下拉菜单
Bond Options
:打开
Bond Calculation
对话框。
Calculate Bond Types
:使用
Bond Calculation
对话框中设定的判断条件,计算当前文档
中化学键参数。
Convert To Kekule
:以也
Kekule
方式显示选定的共振键,如果没有选定的共振键,所
有的共振键都转变为
Kekule
方式显示。
Convert To Resonant
:以共振方式显示选定的共振键,如果没有选定的,所有的都以
共振方式显示。
Delete Bonds
:删除选定的化学键,如果没有选定的化学键,当前文档中所有的化学键
都被删除。
Monitor Bondong
:控制键监视器的打开和关闭。
图形视图工具条
任务管理器工具条
模块工具条
模块工具条提供使用你已经安装的模块的命令。
注意:本工具条的内容随着你安装的模块的不同而不同
它包括以下命令按钮:
工程工具条
摇动和旋转工具条
草画工具条:
标准工具条
标准工具条包括进行文件操作,如导入、保存和打印
对称性工具条
体积可视化工具条
状态栏
状态栏显示在
Materials Studio
窗口的底部。它显示对当前活动的有用信息。
例如,鼠标指到命令菜单,状态栏就显示命令菜单的描述。鼠标放在工具条按钮上一会,
就会出现黄色的提示。
象三维窗口等窗口可能在状态栏显示信息或提示,以便更好的使用。
状态栏中靠右边是一个凹进去的进度提示器。当长时间操作时,进度条显示已经完成多
少和剩下多少。操作在进行时,一个小的红色
x
会出现在进度条的右边,你可以在“
x
”上
单击来取消当前操作。
鼠标键盘命令
默认模式和命令
三维窗口可以在不同模式中,如选择、旋转、缩放等。根据这些模式确定鼠标
左键具体执行什么命令。
有些鼠标键盘命令不管视图处于什么模式都可以使用,这称为
默认命令
,它们
可以在任何模式中使用。其它命令只适于特定模式。图形窗口(
Chart View)也这样。
切换就是原来选定的又被选定后就不选了,加入就是原来选定的又被选定后还 是选定。
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