安装BiocManager::install(“MungeSumstats”)报错

抑郁年年有，今年特别多。

安个包，处处是坎儿啊。

安装BiocManager::install(“MungeSumstats”)报错

cram/cram_io.c:53:10: fatal error: bzlib.h: No such file or directory

从这个报错开始，后边跟着一串串报错。就不一一展示了。排雷当从第一个起。

解决办法：
在终端输入：

sudo apt install libboost-all-dev

sudo apt-get install libbz2-dev

2023-4-19
从来没想过，犯错还能在同一个坑的
此次是因为ubuntu重装了，所以R要重新配置。又不能安装了，出现如下报错：

hfile_libcurl.c:47:10: fatal error: curl/curl.h: No such file or directory
47 | #include <curl/curl.h>
| ^~~~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make[1]: Leaving directory ‘/tmp/RtmpPIQj04/R.INSTALL36cf3efb3877/Rhtslib/src/htslib-1.15.1’
make[1]: *** [Makefile.Rhtslib:135: hfile_libcurl.o] Error 1
make: *** [Makevars.common:22: htslib] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘Rhtslib’

• removing ‘/home/he/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/Rhtslib’

这个错误是因为缺少libcurl库。可以按照以下步骤解决：

1.在终端输入：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

2.重新安装MungeSumstats R包：

又出现新的报错：

ERROR: configuration failed for package ‘XML’

• removing ‘/home/he/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/XML’
  installing source package ‘RCurl’ …
  package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
  using staged installation

该错误通常是由于缺少系统库或无法连接到所需的依赖项而引起的。在解决问题之前，需要确认您的系统中是否已安装所有必需的依赖项。

在Linux系统中，您可以尝试以下命令在终端来安装可能缺失的依赖项：

sudo apt-get update
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev

这将安装一些常见的依赖项，包括用于XML解析的libxml2-dev和用于加密连接的libssl-dev和libcurl4-openssl-dev。

如果以上步骤无效，您可以尝试手动安装XML包，然后再次尝试安装MungeSumstats包。您可以使用以下命令在R中手动安装XML包：

install.packages("XML", dependencies=TRUE)

重新安装，报错倒是越来越少了，还有如下报错：

ERROR: dependency ‘biomaRt’ is not available for package ‘GenomicFeatures’
*removing ‘/home/he/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/GenomicFeatures’

• installing source package ‘BSgenome’ …
  ** using staged installation
  ** R
  ** inst
  ** byte-compile and prepare package for lazy loading
  ** help
  *** installing help indices
• building package indices
  ** installing vignettes
  ** testing if installed package can be loaded from temporary location
  ** testing if installed package can be loaded from final location
  ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
• DONE (BSgenome)
  ERROR: dependency ‘GenomicFeatures’ is not available for package ‘VariantAnnotation’
• removing ‘/home/he/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/VariantAnnotation’
  ERROR: dependency ‘VariantAnnotation’ is not available for package ‘MungeSumstats’
• removing ‘/home/he/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/MungeSumstats’

这个报错提示是因为您尝试安装的包之间存在依赖关系，但是其中某些依赖包在当前环境下不可用或者无法安装。具体来说，GenomicFeatures包依赖于biomaRt包，VariantAnnotation包依赖于GenomicFeatures包，而MungeSumstats包依赖于VariantAnnotation包。因此，在安装MungeSumstats包之前，您需要先安装其它依赖包。

可以尝试以下几个步骤来解决问题：

检查您的R和Bioconductor版本是否与要求匹配。有些包需要特定版本的R和Bioconductor才能正常安装。可以使用sessionInfo()函数查看当前R和Bioconductor的版本信息，确保它们符合要求。

如果依赖包不可用，可以尝试重新安装这些依赖包。例如，如果 biomaRt 包无法安装，您可以尝试手动安装该包，或者使用以下命令重新安装所有依赖包：

BiocManager::install(c("biomaRt", "GenomicFeatures", "restfulr", "BSgenome", "VariantAnnotation", "rtracklayer", "MungeSumstats"))

如果依赖包已安装但仍然出现问题，您可以尝试使用install.packages()命令从CRAN安装这些依赖包，例如：

install.packages("biomaRt", "GenomicFeatures", "restfulr", "BSgenome", "VariantAnnotation", "rtracklayer", "MungeSumstats")

继续安装，出现如下warning

Installation paths not writeable, unable to update packages path:
/usr/lib/R/library packages:
boot, class, cluster, codetools, foreign, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, rpart, spatial, survival path:
/usr/lib/R/site-library packages:
bit, bslib, digest, gargle, ggplot2, highr, isoband, jsonlite, loo, matrixStats, processx, ps, ragg, rmarkdown, stringr, tinytex
Warning message: package(s) not installed when version(s) same as or
greater than current; use force = TRUE to re-install: ‘restfulr’
‘BSgenome’ ‘rtracklayer’

这个错误表明您没有写入R包的安装路径的权限。在Linux系统上，R包通常被安装在/usr/lib/R/library或/usr/lib/R/site-library路径下。

要解决这个问题，您可以使用sudo命令作为超级用户运行R，或者使用具有写入权限的用户帐户。您可以使用以下命令更改R包安装路径的所有者和组：

sudo chown -R username:groupname /usr/lib/R/library
sudo chown -R username:groupname /usr/lib/R/site-library

出现如下报错

‘getOption(“repos”)’ replaces Bioconductor standard repositories, see
‘help(“repositories”, package = “BiocManager”)’ for details.
Replacement repositories:
CRAN: https://cloud.r-project.org Bioconductor version 3.16 (BiocManager 1.30.20), R 4.2.3 (2023-03-15) Installation paths not
writeable, unable to update packages path: /usr/lib/R/library
packages:
boot, class, cluster, codetools, foreign, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, rpart, spatial, survival path:
/usr/lib/R/site-library packages:
bit, bslib, digest, gargle, ggplot2, highr, isoband, jsonlite, loo, matrixStats, processx, ps, ragg, rmarkdown, stringr, tinytex
Warning message: package(s) not installed when version(s) same as or
greater than current; use force = TRUE to re-install:
‘MungeSumstats’

检查权限问题：报错信息提示需要sudo权限来安装，因此可以尝试在终端中使用sudo命令进行安装，即在终端中输入以下命令：

在终端进入R

sudo R

然后输入密码。进入R控制台后再安装：

然后终端又出现如下报错：

Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘BiocManager

这个错误提示表明 R 环境缺少 BiocManager 包，需要先安装 BiocManager 包才能继续安装其他依赖于它的包。
在 R 终端中输入以下命令来安装 BiocManager 包：

install.packages("BiocManager")

加载包

library(BiocManager)

一旦 BiocManager 包成功加载，就可以尝试重新安装

BiocManager::install("MungeSumstats")

这回终于成功了

反复在R和terminal之间来回捯饬，都晕头转向了。真是又意外又疲劳啊。反正是没啥惊喜

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2023-6-25

另外，还有一个靠谱的安装方式：

remotes::install_github("MRCIEU/MRInstruments")