同步辐射XAFS软件——Demeter包括(Artemis、Athena和Hephaestus) 安装教程,以及数据导入教程!...
为了方便各位更快的找到自己所需要的科研软件,因此我做了一个往期软件目录,点击蓝色字体即可链接对应文章!软件名称主要功能HighScore3.0.5+XRD数据分析工具Thermo AvantageXPS数据分析工具MDI Jade 6.5XRD数据分析LabSpec拉曼光谱分析MestReNova 14核磁共振NMR数据处理Image J科研图像处理工具CasaXPS...
为了方便各位更快的找到自己所需要的科研软件,因此我做了一个往期软件目录,点击蓝色字体即可链接对应文章!
软件名称 | 主要功能 |
XRD数据分析工具 | |
XPS数据分析工具 | |
XRD数据分析 | |
拉曼光谱分析 | |
核磁共振NMR数据处理 | |
科研图像处理工具 | |
XPS数据分析 | |
观察生物分子微观结构 | |
纳米颗粒粒度分析软件 | |
原子水平晶体结构可视化 | |
文献管理软件 | |
数据分析工具 | |
三维建模和渲染软件 | |
电镜图像分析软件 | |
晶体分子结构图绘制软件 | |
非线性拟合软件 | |
晶体结构解析软件 | |
热化学分析软件 | |
红外数据分析软件 | |
科研绘图软件 | |
分子材料计算模拟软件 | |
XPS和AES数据分析软件 | |
Xcalibur | 质谱数据分析软件 |
Mercury | 观察晶体结构软件 |
Nanoscope Analysis | AFM数据处理软件 |
Image Pro Plus | 图像分析软件 |
ZSimpWin | 阻抗谱拟合软件 |
Masshunter | 质谱采集分析软件 |
Cytoscape | 生物信息分析软件 |
CrysTBox | TEM数据分析软件 |
目录
软件下载
软件介绍
安装教程
使用教程
软件下载
[软件名称]:Demeter
[安装环境]:Win11/Win10/Win9/Win8/Win7
[系统位数]:64位
[软件类型]:同步辐射XAFS软件
[下载链接]:公众号回复【Demeter】
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软件介绍
Demeter 是同步辐射光谱技术数据处理的软件,由 Bruce Ravel 教授发布且免费的数据处理工具,有三部分组成:Athena,Artemis 和 Hephaestus组成,其中 Athena 主要功能是对实验数据的处理得到 XANES 和 EXAFS;Artemis 是对 EXAFS 数据进行拟合得到配位数等一系列信息;Hephaestus 是与同步辐射实验相关的数据库。其中,Athena 是最重要的。除得到并展示 XANES 和 EXAFS 数据以外,还可以进行线性拟合、主成分分析等更高阶的数据处理。
安装教程
注意事项
①解压安装包和软件安装时,关闭杀毒软件,否则安装文件容易被误删除;
②安装软件时,要右击压缩包,把压缩包解压出来,不要直接双击压缩包;
③安装包及软件安装路径,最好是英文或数字,如有中文路径,容易报错;
1.下载安装包,并解压安装包
2.打开解压后的文件夹,鼠标右击“demeter”,选择【以管理员身份运行】。
3.点击“Next”
4.点击“I accept...”,再点击“Next”
5.把C改成D,再点击“Next”
6.点击“Next”
7.点击“Next”
8.点击“Install”
9.正在安装
10.点击“Next”
11.点击“Finish”
12.桌面生成三个图标
数据导入教程
打开软件后,可以看到软件在 Main window窗口下大致可以分为左右两区域:左为参数区,右为数据展示区。
在左方的参数设置区域,从上到下分别是:
1. Main window (主窗口):用于切换不同的数据处理功能;
2. Current Group (当前数据):包含数据路径,对应的元素 (Element) ,边 (Edge) 和能量移动值 (Energy Shift) 等基本信息;
3. Normalization and background removal parameters (归一化和背景移除参数):对原始数据的基本处理得到XANES 和 k 空间图像;
4. Forward Fourier transform parameters (傅里叶变换参数):从 k 空间到 R 空间变换;
5. Back Fourier transform parameters (反傅里叶变换参数):从 R 空间到 q 空间变换;
6. Plotting parameters (画图参数):对图像展示进行放大或缩小等。
右方空白部分是数据所在的几何位置,右下方用于不同形式的数据展示。
▲图 2. Athena 主界面。
注:以下演示数据来源于 Demeter 官网教程,由 Bruce Ravel 教授提供。下载地址:http://bruceravel.github.io/XAS-Education/。
数据处理的第一步就是数据导入,需要注意:XAFS数据名称中同样不可以有非英文字符,存储路径中也不可以,后续的保存数据也不可以!
1、双击Athena软件,出现如下界面:
2、点击File,随后点击import data,选取要导入的数据,点击打开。
3、如下图所示,此时需要选择能量和吸收系数列。在此之前,我们再学习下XAFS透射测试的基本公式:
其中I1是后电离室的光子数,I0是前电离室的光子数。
变种之后可以获得:
对于荧光模式:
其中If是荧光探测器的光子数。因此我们需要首先知道数据的测试信息,包括测试模式,哪一列是能量,哪一列是前电离室强度等。以下图中Fe箔XAFS数据为例,通过透射模式采集,其第二列是能量,第三列是I0,第四列是I1。所以Energy选择第二列,Numerator(分子)选择第三列,Denominator(分母)选择第四列,同时需要勾选上Natural log(自然对数)。也可以通过界面中下方的的m(E)公式实时观察选取参数的正确与否。同时在选取好分子之后,会自动显示图像,也可以根据图像选择参数。
同时注意Data type和Energy unit(能量单位),有的线站可能采用keV作为能量单位。
4、对于使用Lytle探测器荧光数据选择,如下图所示,分子选择I1,分母选择I0,但注意此时不要勾选自然对数选项。
5、对于使用固体探测器测得的荧光数据,如下图,分母选择I0,分子则选择相关的计数通道,请注意此时有些通道是不合理的,需要避免勾选。
6、在线站采集的数据中,一般都会根据采集的模式自动计算好了一列数据,在导入的时候选好能量列,选择计算好的数据列为分子,不勾选自然对数即可。以上海光源BL14W1线站的Fe箔透射XAFS数据为例,在第五列中直接算好了透射模式下的吸收系数,如下图:
7、讲到这里相信大家也已经掌握了主要的数据导入流程。此时,若有国外光源的一组数据,再按照上述的方法导入,突然发现报错了或者导入不了,这是什么原因呢?这是因为不同的光源的数据模式不一样。我们可以这样做:双击Athena之后,打开界面中的main window,选择Plugin registry,然后选择相关光源、线站的名称,然后再导入即可。对于一般数据,选择PFBL12C即可。
8、数据导入成功后,应显示如下:
9、如果在数据导入的时候data type选择错了,有可能出现如下界面,下半段变成了灰色不可点击,此时也无需重新导入,直接按住键盘的Ctrl+Alt,鼠标左键点击红色圈主的蓝色字Datatype: xanes即可,此时数据模式就由xanes转换为xmu,为正常模式。
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—The end—
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