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UMAP 简介

UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）是一种先进的非线性降维技术，用于将高维数据集转换为低维空间中的表示，同时尽可能保留原始数据的复杂结构和拓扑特性。它特别适用于可视化分析和机器学习领域的预处理步骤。

理论基础

• 流形学习：UMAP 建立在流形学习的基础上，该理论认为即使在高维空间中，许多真实世界的数据点也可以近似地分布在一个低维流形上。通过捕捉这些隐藏的低维结构，UMAP 能够生成有意义的二维或三维投影。

• 代数拓扑：算法利用了代数拓扑的概念，特别是对邻域图的同胚嵌入来估计数据流形上的全局和局部连通性。这意味着 UMAP 不仅关注数据点之间的局部相似性，还考虑了它们在整个数据集中的相对位置和全局关系。

• 黎曼几何：虽然 UMAP 并不直接依赖于严格的黎曼几何计算，但其背后的思想受到了启发。算法假设数据均匀分布在某种局部恒定度量的空间中，并且这个空间可以通过数学操作进行近似。

特点与优势

1. 保留全局结构：相比 t-SNE（t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding），UMAP 更注重保持数据集的全局结构，这对于某些应用如聚类和分类任务尤其重要。

2. 计算效率：UMAP 优化了算法实现，使其运行速度更快，特别是在处理大规模数据时表现更为出色。

3. 无维度限制：UMAP 可以处理任意大小的嵌入维度，不受像 t-SNE 那样的硬性限制，这使得它不仅限于可视化，还可以作为通用的降维工具应用于其他机器学习模型。

4. 参数调整：UMAP 提供了一些关键参数供用户自定义，例如 n_neighbors 控制每个点邻居的数量，影响降维后数据点的聚集程度；而 min_dist 参数则决定了低维空间中点之间的最小距离，有助于控制数据点的分布密度。

应用场景

• 数据可视化
• 高维数据的探索性数据分析（EDA）
• 大规模单细胞转录组数据分析
• 异常检测
• 机器学习模型的特征降维预处理

在 Python 中使用 UMAP

安装 umap-learn 库

pip install umap-learn

使用 UMAP 可视化手写数字数据集

下面我们使用 UMAP 将手写数字数据集降到二维空间，并将降维后的数据可视化。

导入需要的包：

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

from umap import UMAP
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler

from torchvision import datasets

加载手写数字数据集：

digits = datasets.MNIST("./data", train=True, download=True)
X, y = digits.data.numpy().reshape(-1, 28 * 28), digits.targets.numpy()
n = 5000
X, y = X[:n], y[:n]
X.shape, y.shape  # ((5000, 784), (5000,))

可视化原始数据：

n = 10  # 显示 10 * 10 个数字
img = np.zeros((30 * n, 30 * n))
for i in range(n):
    ix = 30 * i + 1
    for j in range(n):
        iy = 30 * j + 1
        img[ix : ix + 28, iy : iy + 28] = X[i * n + j].reshape(28, 28)
plt.figure(figsize=(8, 8))
plt.imshow(img, cmap=plt.cm.binary)
plt.axis("off")
plt.show()

使用 UMAP 将数据降到二维空间并可视化：

# UMAP 降维
# UMAP 降维
reducer = UMAP(n_components=2, random_state=0)
embedding = reducer.fit_transform(X)

# 归一化
scaler = MinMaxScaler()
embedding = scaler.fit_transform(embedding)

# 可视化
plt.figure(figsize=(9, 9))
for i in range(embedding.shape[0]):
    plt.text(
        embedding[i, 0],
        embedding[i, 1],
        str(y[i]),
        color=plt.cm.tab10(y[i]),
        fontdict={"size": 12},
        va="center",
        ha="center",
    )
plt.axis("off")
plt.show()