核磁干货 | RESTplus计算核磁静息态指标
大家好，上期 茗创科技 分享了“爱马仕”的计算脑电功能连接的工具包，今天给大家推荐这款静息态 fMRI 数据分析工具包--RESTplusRESTplus是基于SPM 开发的 fMRI 批处理软件，具有页面简洁，易于理解和操作，功能丰富等特点。大家还记之前推过的SPM场图校正手册吗？忘记的朋友可以复习一下哦~SPM场图校正手册不会核磁数据处理的朋友也可以联系我们~~在具体描述如何使用RESTplu
大家好，上期 茗创科技 分享了“爱马仕”的计算脑电功能连接的工具包，今天给大家推荐这款静息态 fMRI 数据分析工具包-- RESTplus
RESTplus 是基于SPM 开发的 fMRI 批处理软件，具有页面简洁，易于理解和操作，功能丰富等特点。
大家还记之前推过的SPM场图校正手册吗？忘记的朋友可以复习一下哦~
不会核磁数据处理的朋友也可以联系我们~~
在具体描述如何使用 RESTplus 进行数据处理之前，我们先确认一下我们的工作环境。
| Matlab版本：2013b（不要用太新的，不确定会不会有bug） Restplus版本：RESTplus_V1.2 SPM版本：SPM12 |
第一步 数据准备
（1）如果数据是DICOM格式，整理成以下格式
（2）如果数据是nii格式，整理成以下格式（注意.nii.gz并不适用于restplus需要先行解压）
注意：
1.这里的路径名以及文件名只能有英文、数字、下划线三种，切勿有空格中文其他字符等！！
2.个人推荐将数据转换成nii格式，其中功能像转换成4d格式的。在这里挖个坑，有机会讲讲数据格式转换，还有怎么看数据。
| 示例：
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第二步 更改路径、添加路径
将matlab的当前路径更改为放置功能像和结构像的文件夹，同时以【添加并包含子文件夹】的方法添加【spm12】和【170202_RESTplus_V1.2】
注意：在这里 spm12 和 RESTplus 两个工具包都需要添加，缺一不可。而且都需要用添加子文件夹的方法进行添加。
第三步 数据预处理
在matlab的命令窗口输入restplus，回车，打开如restplus的图形页面，对于预处理的批处理，选择 pipeline 这个模块，后续的批处理过程将都在以下页面完成。
Restplus的页面比较简洁，就是按照需求勾选，需要做哪些步骤，就勾选哪些步骤。
| 下面依次介绍restplus中每个选项的各种功能 （1）填写基本信息。 工作目录下要有起始的功能的文件夹和起始的结构文件夹，起始文件名也是根据实际情况填写就行。
（2）预处理的步骤 一般来说预处理都要经过如下步骤，根据具体需求有些步骤的参数会有些改变。
1. 转换格式 如果已经转换nii格式的数据，这步可以不勾 2. 去除前n个时间点 一般情况的话，静息态是去除前10个时间点，具体的话还是推荐用mricron看下该功能像的 4d traces
3. 时间层校正
4. 头动校正 在运行的结果之中，会有个txt文件，可以根据各种头动条件来删选被试，一般来说我们要控制头动的范围在3mm，3度之内。
5. 原点校正 这一步是选做的，一般来说，可以不做，如果配准效果不好的话，再回头来做这步。需要手动进行原点校正，每个被试需要进行两次原点校正，一次结构像一次平均功能像，原点位于前联合，具体位置如下图所示。
6. 空间标准化 Restplus提供了三种配准方法：（1）一步配准法；（2）两步配准法；（3）dartel配准法。一部配准法可以没有T1像，其余两种必须要有T1像。
确认了以上参数都没有太大问题的话，就可以点右下角的run运行了。 （3）降噪的操作 在这里介绍计算的指标有ALFF ReHoFC ，这三种指标在预处理中是一样的，在降噪过程中是存在差异的，我们分三个部分来介绍。 Part A ALFF的降噪与计算
7.平滑
8.去趋势化 9.去除协变量
确认无误后，则可点击右下角Run运行。 Part B ReHo的降噪与计算
10.滤波
确认无误后，则可点击右下角Run运行。 如出现以下报错,表明存在相同名字的文件夹。
Part C 功能连接（FC）的降噪与计算
（4） 结果查看 ALFF&ReHo的结果
FC的结果
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RESTplus工具包 及 示例数据 可以联系工程师 17373158786 索要~
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