菜单命令

30. Analyze

此菜单包含与图像数据的统计测量、轮廓和直方图绘制相关的命令，以及与图像分析相关的插件。

30.1 Measure

根据选择类型，计算面积统计信息、线长度和角度或点坐标，并在结果表上显示。可以在Set Measurements对话框中指定执行的测量。

如果没有选择，则计算完整图像的面积统计信息，或者计算由其中一个面积选择工具定义的选定子区域的面积统计数据。对于线性选择（直线、分段线和徒手线，请参见直线选择工具），还将计算长度和角度（仅直线）。对于点选择（请参见点工具和多点工具），将记录X和Y坐标。请注意，除非“点工具选项”对话框中的“标记宽度”设置为零，否则Measure[m]将以前景色在测量点上绘制（侵入性）标记。

对于RGB图像，使用亮度值计算结果。如果在Edit>Options>Conversions中选中“加权RGB转换”，则RGB像素将使用公式值=（红色+绿色+蓝色）/3或值=0.299×红色+0.587×绿色+0.114×蓝色转换为亮度值。

可以对区域、直线和多点选择进行强度统计（平均值、模态、中值、最小和最大灰度值、标准偏差和综合密度）。对于线条，这些参数是根据沿线像素的值计算得出的。通过选择面积，可以测量以下参数：面积、质心、质心、周长、边界矩形、形状描述符、拟合椭圆、费雷特直径、倾斜度、峰度和面积分数。

30.2 Analyze Particles

此命令对二进制或阈值图像中的对象进行计数和测量。如果不存在选择，则对现有区域选择或对整个图像执行分析。它的工作原理是扫描图像或选择，直到找到物体的边缘。然后，它使用魔杖工具勾勒出对象的轮廓，使用Measure[m]命令测量对象，填充对象使其不可见，然后继续扫描，直到到达图像或选区的末尾。按Esc键中止此过程。

• Size：大小（面积）超出此字段中指定范围的粒子将被忽略。值的范围可能在0和“无限”之间。对于空间缩放的图像（参见“设置比例”），如果选中“像素单位”，则值以物理大小平方单位或像素表示。输入一个值，小于该值的粒子将被忽略。
• Particle Analyzer：可以通过指定合适的“大小”和“圆度”范围和/或通过选择是通过粒子的外边缘还是通过整体填充（包括孔复选框）来提取阈值图像的特征。
• Circularity：大小圆形度值超出此字段中指定范围的粒子也将被忽略。圆度（4π×[面积]/[周长的平方]，请参阅设置测量值）范围从0（无限长多边形）到1（完美圆）。
• Show：此下拉菜单指定ImageJ在分析后应显示的图像（或覆盖）。文本标签的大小、颜色和背景可以在Image>Overlay>Labels提示中进行调整。可以使用在宏中调整非重叠输出call(“ij.plugin.filter.ParticleAnalyzer.setFontSize”,
  size);和call(“ij.plugin.filter.ParticleAnalyzer.setLineWidth”, width)；或Par‌ticleAnalyzer.setFontSize(size); ParticleAnalyzer.setLineWidth(width);
  - Nothing：既不会显示图像也不会显示套印格式。请注意，当检测到的粒子数为零时，并且“显示”不是“无”时，粒子分析器将显示空白图像。
  - Outlines：8位图像，包含测量粒子的编号轮廓（灰度级：轮廓：0；标签：1；背景：255）。如果选中“原位显示”，则原始图像将被此图像替换。
  - Bare Outlines：8位图像，包含不带标签的测量粒子的简单轮廓（灰度级：轮廓：0；背景：255）。如果选中“原位显示”，则原始图像将被此图像替换。
  - Masks：8位二进制图像，包含测量粒子的填充轮廓（灰度级：遮罩：0；背景：255）。如果选中“原位显示”，则原始图像将被此图像替换。
  - Ellipses：8位二进制图像，包含每个测量粒子的最佳拟合椭圆（灰度级：椭圆：0；背景：255）。如果选中“原位显示”，则原始图像将被此图像替换。
  - Count Masks：16位图像，包含测量粒子的填充轮廓，绘制有与粒子数对应的灰度值。如果选中“原位显示”，则原始图像将被此图像替换。
  - Overlay Outlines：在图像覆盖中显示测量粒子的轮廓，删除以前添加的覆盖。
  - Overlay Masks：在图像覆盖中显示测量粒子的填充轮廓，删除以前添加的覆盖。
• Display Results：如果选中，则每个粒子的测量值将显示在“结果表”中。
• Clear Results：如果选中，结果表中列出的任何先前测量值都将被清除。
• Summarize：如果选中，“设置测量值”对话框中列出的粒子数、总粒子面积、平均粒子大小、面积分数和所有参数的平均值将显示在单独的汇总表中。请注意，当单个图像“摘要”输出到同一个摘要表时，堆栈摘要打印在专用表中。此外，请注意，可以随时使用“汇总”命令获取有关结果测量的描述性统计信息。
• Add to Manager：如果选中，测量的粒子将被添加到ROI管理器中。
• Exclude on Edges：如果选中，则会忽略接触图像（或选择）边缘的粒子。
• Include Holes：如果检查，将包括内部孔。禁用此选项可排除内部孔并测量被其他粒子包围的粒子。启用此选项后，ImageJ会通过跟踪外边缘来查找每个粒子的范围。禁用时，ImageJ会通过油漆桶来查找范围。
• Record Starts：此选项允许插件和宏使用doWand（x，y）宏函数重新创建粒子轮廓。
• In situ Show：如果选中，原始图像将被“显示”下拉菜单中指定的二进制掩码替换。请注意，此选项不适用于始终在测量图像上显示为非破坏性图像叠加的“叠加轮廓”和“叠加遮罩”。
• Help：http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#ap

30.3 Summarize

对于“结果表”中的每一列，计算并显示该列中值的平均值、标准偏差、最小值和最大值。右键单击“结果表”也可以使用此命令。

30.4 Distribution

根据结果表中所选列的数据生成相对频率直方图。使用“列表”或“复制”按钮保存直方图数据。将鼠标悬停在直方图条上，读取窗口右下角每个垃圾箱的计数。Analyze>Histogram[h]更详细地描述了ImageJ的直方图窗口。右键单击“结果表”也可以使用此命令。

• Parameter：指定要分析的结果表中的参数。
• Data points：将要分析的行数（提供信息）。
• Automatic binning：如果选中，ImageJ将使用David Scott描述的方法来评估最佳直方图仓宽度。如果未选中，则可以使用“指定仓位”设置仓位的数量，以及带范围的直方图的开始和结束限制。

30.5 Label

此命令用当前测量计数器值（即结果表中的行数）标记活动选择。选择轮廓和标签（在选择质心处）是使用当前前景色/背景色绘制的。对于Edit>Draw[d]”，请使用Edit>Options>Line Width命令，或双击线条工具，更改选择轮廓的宽度。如果选择之前进行了分析（分析粒子或测量命令），并且在结果表中提取了参数质心（参见设置测量），则可以对其进行标记。

30.6 Clear Results

清除结果表并重置测量计数器。右键单击“结果表”也可以使用此命令。

30.7 Set Measurements

使用此对话框可以指定通过Analyze>Measure[m]、ROI Manager的Measure命令和Analyze>Analyze Particles记录哪些测量。对当前选择进行测量，如果没有选择，则对整个活动图像进行测量。对于阈值图像（图像>调整>阈值），如果选中“限制到阈值”，则可以将测量限制为高亮显示的像素。右键单击“结果表”也可以使用此命令。该对话框包含两组复选框：第一组控制打印到结果表的测量类型。第二组控制测量设置。第一组的十八个复选框是：

• Area：如果使用Analyze>Set Scale对图像进行空间校准，则选择面积以平方像素为单位或以校准的平方单位（例如，mm2、µm2等）为单位。
• Mean gray value：所选范围内的平均灰度值。这是选择中所有像素的灰度值除以像素数的总和。如果使用Analyze>Calibrate 来校准图像，则以校准单位（例如，光密度）报告。对于RGB图像，如果在Edit>Options>Conversions中选中“加权RGB转换”，则通过使用公式gray=（红+绿+蓝）/3或gray=0.299×红+0.587×绿+0.114×蓝将每个像素转换为灰度来计算平均值。
• Standard deviation：用于生成平均灰度值的灰度值的标准偏差。使用结果表标题StdDev。
• Modal gray value：选择中最常出现的灰度值。对应于直方图中的最高峰值。使用标题Mode。
• Min & max gray level：选择范围内的最小和最大灰度值。
• Centroid：选择的中心点。这是图像或选择中所有像素的x和y坐标的平均值。使用X和Y标题。
• Center of mass：这是图像或选择中所有像素的x和y坐标的亮度加权平均值。使用XM和YM标题。这些坐标是一阶空间矩。
• Perimeter：选择的外部边界的长度。使用标题Perim.。对于IJ 1.44f及更高版本，通过将复合选择分解为单个选择来计算其周长。注意，由于使用不同的计算方法，复合周长和单个周长的总和可能不同。
• Bounding rectangle：包围所选内容的最小矩形。使用标题BX、BY、Width和Height，其中BX和BY是矩形左上角的坐标。
• Fit ellipse：使椭圆适合所选内容。使用标题“主要”、“次要”和“角度”。主轴和次轴是最佳拟合椭圆的主轴和次轴。角度是指主轴和平行于图像X轴的直线之间的角度。如果选中了“质心”，则椭圆中心的坐标将显示为X和Y。请注意，如果Analyze>Set Scale 对话框中的“像素纵横比”不是1.0，则ImageJ无法计算长轴和短轴长度。有几种方法可以查看拟合的椭圆：
  - Edit>Selection>Fit Ellipse命令将区域选择替换为最佳拟合椭圆。
  - DrawEllipse宏（破坏性地）绘制最适合的椭圆以及长轴和短轴。
  - 从粒子分析器的“显示：”下拉菜单中选择“椭圆”（Analyze>Analyze Particles），它将在单独的窗口中为每个粒子绘制椭圆。
• Shape descriptors：计算并显示以下形状描述符：
  - Circularity：4π×[Area][P erimeter]2，值为1.0表示一个完美的圆。当该值接近0.0时，表示形状越来越细长。值可能对非常小的粒子无效。使用标题Circ。
  - Aspect ratio：粒子拟合椭圆的纵横比，即[长轴][中轴线]。使用标题AR。
  - Roundness：4×[面积]π×[主轴]2或纵横比的倒数。使用标题“圆形”。
  - Solidity：凸面面积]；请注意，编辑。选择“凸面外壳”命令使区域选择成为凸面。
• Feret’s diameter：沿选择边界的任意两点之间的最长距离，也称为最大卡尺。使用标题Feret。卡套直径的角度（0–180度）显示为卡套角度以及最小卡钳直径。还显示套圈直径的起始坐标（套圈X和套圈Y）
• Integrated density：图像或选择中像素值的总和。这相当于面积和平均灰度值的乘积。对于IJ 1.44c及更高版本，启用集成密度时，原始集成密度（像素值之和）显示在RawIntDen标题下。斑点印迹分析教程演示了如何使用此选项来分析斑点印迹分析。
• Median：图像或选择中像素的中值。
• Skewness：关于平均值的三阶矩。力矩计算器插件的文档解释了如何解释空间力矩。使用标题“倾斜”。
• Kurtosis：关于平均值的四阶矩。使用标题Kurt。
• Area fraction： 对于阈值图像，是使用“图像>调整>阈值”以红色突出显示的图像或选择中的像素百分比。对于非阈值图像，是非零像素的百分比。使用标题%面积。
• Stack position：选择的堆栈或超堆栈中的位置（切片、通道和帧）。使用标题Slice、Ch和Frame。

对话框的第二部分控制测量设置：

• Limit to threshold：如果选中，则测量计算中仅包括阈值像素。使用Image>Adjust>Threshold[T]设置阈值限制。此设置仅影响阈值图像。
• Display label：如果选中，图像名称和切片编号（对于堆栈）将记录在结果表的第一列中，例如，mri堆栈.tif:9。对于重命名的选择（Edit>Selection>Properties[y]）或通过ROI Manager的测量命令测量的选择，会附加选择标签，例如blobs.gif:0339-0163或blobs.gf:mySelection。
• Invert Y coordinates：如果选中，则假定XY原点为图像窗口的左下角，而不是左上角。
• Scientific notation：如果选中，测量值将以科学符号显示，例如1.48E2。
• Add to Overlay：如果选中，测量的ROI将自动添加到图像叠加中。覆盖选择的外观可以使用Image>Overlay>Overlay Options /Labels进行调整。
• Redirect to：从该弹出菜单中选择的图像将被用作通过Analyze>Measure[m]和Analyze>Analyze Particles命令进行统计计算的目标。此功能允许您在一张图像上勾勒出结构轮廓，并测量另一张图像中相应区域的强度。
• Decimal places：这是结果表和柱状图窗口中显示的实数小数点右侧的位数。

30.8 Set Scale

使用此对话框可以定义活动图像的空间比例，以便可以以校准单位（如mm或µm）显示测量结果。使用此命令之前，请使用直线选择工具选择与已知距离相对应的直线。然后，打开“设置比例”对话框，输入已知距离和测量单位，然后单击“确定”。“以像素为单位的距离”字段将根据所选直线的长度自动填充。

如Image>Properties[P]中所述，可以分别使用Alt M和Alt Shift A键入µ和Å符号。µm也可以定义为“um”或“micron”。将像素纵横比设置为1.0以外的值可以支持不同的水平和垂直空间尺度，例如，水平方向为100像素/cm，垂直方向为95像素/cm。要设置像素纵横比，请执行以下操作：

• 以已知的1:1纵横比测量数字化对象的宽度和高度（以像素为单位）。
• 在“以像素为单位的距离”中输入测量的宽度（以像素计）。在“已知距离”中输入已知宽度。通过将宽度除以高度来计算纵横比，并将其输入“像素纵横比”。
  选中“全局”时，此对话框中定义的比例将用于当前会话期间所有打开的图像，而不是仅用于活动图像。单击“删除比例”将“像素中的距离”字段和“已知距离”重置为零，并将“长度单位”重置为“像素”。

30.9 Calibrate

使用此对话框可以将图像校准为一组密度标准，例如放射性同位素标准或校准的光学密度阶梯片。请注意，通常情况下，校准不能应用于32位图像（尽管如此，32位图像的像素强度单位仍然可以更改）。校准程序分为三个步骤：

• 使用Analyze>Clear Results（分析>清除结果）重置测量计数器，使用Area Selection Tools（区域选择工具）和Analyze>Measure[m]（分析>测量[m]）之一记录每个标准的平均灰度值。完成测量后，选择Analyze>Calibrate以显示“校准”对话框。要校准图像，请在右栏中输入已知的标准值。左列将已经填充了测量的平均灰度值。从弹出菜单中选择曲线拟合方法，输入测量单位，然后单击“确定”。如果选中“显示绘图”，则ImageJ将在单独的窗口上显示校准功能。请注意，两列必须包含相同数量的值。如果校准功能不令人满意，请再次调出“校准”对话框，然后选择不同的曲线拟合方法。
  除了可以从下拉菜单中选择的功能（在CurveFitter的内置功能中进行了描述）之外，还提供了另外两个不需要测量OD标准的功能：

• Uncalibrated OD：如Gels.凝胶分析仪选项…中所述，导致ImageJ使用函数Unc OD=log10（255/像素值）将8位图像的灰度值转换为未校准的光密度值。此转换只能在8位图像上执行。

• Pixel Inverter：由反转像素定义的线性函数=位深度h 1 1像素值，8位图像的位深度为255，16位图像为65535。

30.10 Histogram

计算并显示活动图像或所选内容中灰度值分布的直方图。X轴表示可能的灰度值，Y轴表示为每个灰度值找到的像素数。X轴下方的水平LUT条被缩放以反映图像的显示范围。还计算并显示总像素计数，以及平均值、标准偏差（StdDev）、最小值（Min）、最大值（Max）和模态（Mode）灰度值。

在浏览堆栈或移动ROI时，单击Live以监控直方图。值/计数对（即，响应X轴光标位置的灰度值cor/具有该强度的像素数）为
显示在右下角，同时在直方图窗口上拖动鼠标。对于RGB图像，默认直方图是通过使用公式gray=（红+绿+蓝）/3将每个像素转换为灰度来计算的，或者如果在Edit>Options>Conversions中选中了“加权RGB转换”，则使用gray=0.299×红+0.587×绿+0.114×蓝。但是，可以通过反复单击RGB按钮来获得单通道RGB直方图。使用“列表”或“复制”按钮保存直方图数据。单击Log（日志）以显示直方图的日志缩放版本（以灰色覆盖）。

对于16位图像，最小值和最大值之间的灰度值范围被划分为256个仓。对于32位图像，在所示对话框中指定存储箱的数量。对于任何图像类型，都可以使用Alt H调用选项对话框，也可以在按住Alt的同时单击Analyze>Histogram[H]来调用选项对话框。

• Bins：指定bin的数量。
• Use min/max：如果选中，X轴范围由图像或选择中的最小值和最大值确定。如果未选中，则可以指定X最小值和X最大值来固定X轴范围。
• Y Max：固定Y轴范围。键入“自动”以使范围由最大垃圾箱计数确定。getHistogram（）和Plot.getValues（）宏函数可用于获取单击列表按钮时显示的“Value”和“Count”数据。

30.11 Plot Profile

显示沿直线或直角选择的像素强度的二维图形。X轴表示沿线的距离，Y轴表示像素强度。忽略32位图像中的NaN值。对于比一个像素宽的矩形选择或线选择，显示“列平均图”，其中X轴表示通过选择的水平距离，Y轴表示垂直平均的像素强度。若要水平平均，请按住Alt K键或选中Edit>Options>Profile Plot中的“垂直纵断面”。对于实时检查，请激活实时模式，以便在移动或调整所选内容时不断更新配置文件。

要在单个绘图中获得多个选择的配置文件，请使用ROI Manager的“多绘图”命令。其他类型的区域选择，如椭圆形或手绘ROI，可以通过首先运行Edit>Selection>Area来分析，这将把这些ROI转换为线条选择。使用“列表”、“保存”或“复制”按钮可以查看和保存配置文件数据。使用Edit>Options>Profile Plot可以调整图的生成方式。

30.12 Surface Plot

显示灰度或伪彩色图像（非RGB图像）中像素强度的三维图形。绘图基于现有的矩形选择，或者如果没有选择，则基于整个图像。当源图像是堆栈或超堆栈时，可以生成一堆绘图。在这种情况下，关闭打印堆栈窗口将中止打印过程。

• Polygon Multiplier：调整用于生成绘图的纵断面数量。
• Draw Wireframe：如果选中，则每个轮廓的轮廓将以黑色绘制。
• Shade：如果选中，将使用源图像的LUT生成阴影图。
• Draw Axis：如果选中，将绘制并标记三个轴。
• Source Background is Lighter：如果选中，则源图像中较亮的区域将表示较低的海拔（谷），而源图像中的较暗区域将表示较高的海拔（峰）。
• Fill Plot Background with Black：如果选中，则绘图将使用黑色背景绘制，否则将使用白色背景。
• One Polygon Per Line：如果选中，将绘制所有多边形。
• Smooth：如果选中，剧烈波动将被平滑。请注意，一些绘图可以通过调整源图像的对比度或对其进行平滑来进一步改进。

30.13 Gels

使用此子菜单中的命令分析一维电泳凝胶。这些命令使用一种简单的图形方法，包括生成车道轮廓图，绘制线以包围感兴趣的峰值，然后使用Wand Tool测量峰值面积（即定积分）。注意，除非将凝胶校准到已知标准，否则该技术不能用于比较不同凝胶上的谱带。此子菜单中列出的命令包括：

• Select First Lane：需要矩形选择。请注意，假设车道是垂直的，除非初始选择的宽度至少是其高度的两倍。
• Select Next Lane：在第一个矩形ROI在相邻车道上移动之后使用。请注意，所有选择都必须具有相同的尺寸。
• Plot Lanes：生成车道纵断面图。ImageJ假设每次分析只创建一个图。因此，在同一分析中多次重新运行此命令将导致错误消息：“您必须首先使用‘选择第一条车道’命令”。要重新创建打印的纵断面，请使用“重新打印车道”命令。
• Re-plot Lanes：重新创建车道纵断面图。如果尚未运行“绘制车道”，则会显示一条错误消息：“重新绘制车道所需的数据不可用”。
• Reset：重置分析。
• Label Peaks：使用魔杖工具获得的面积测量值来标记车道峰值。
• Gel Analyzer Options：使用此对话框可以控制凝胶分析仪的行为。
  - Vertical / Horizontal scale factor：指定显示车道纵断面图的比例因子。
  - Uncalibrated OD：如果选中，ImageJ将把灰度值转换为未校准的光密度值。如Analyze>Calibrate中所述，ImageJ使用函数将像素强度转换为光密度：Unc OD=log10（255/像素值）。如前所述，转换只能在8位图像上执行。因此，当处理更高比特深度的图像时（请参阅图像类型和格式），凝胶分析仪在使用此选项时会处理凝胶的8比特副本（对用户隐藏）。
  - Label With Percentages：如果选中，则“标记峰值”命令将在结果表中打印峰值百分比，并使用它来标记绘图。通过将每个峰值的面积除以来自所有车道的所有测量峰值的总和来获得百分比值。
  - Invert Peaks：如果选中，峰值将反转，即比背景暗的波段将具有正峰值，比背景亮的波段将有负峰值。此设置不会更改分析。

有关练习，请参阅ImageJ Wiki页面上的视频教程，并使用“文件”>“打开样本”>“凝胶样本图像”（1–D凝胶）执行以下步骤。请注意，可以使用Image>Overlay>Flatten命令在任何点创建带有车道轮廓的凝胶图像副本。

• 使用矩形选择工具绘制第一条车道的轮廓。如果车道是垂直的，那么这应该是最左边的车道，如果车道是水平的，那么应该是最上面的车道。
• 选择Gels>Select First Lane（1）（凝胶>选择第一条车道（1）），车道将被勾勒出来，状态栏中将显示“已选择车道1”。
• 将矩形选择向右移动到下一条车道（如果车道是水平的，则向下移动），然后选择Gels>select next lane。
• 所选车道将被勾勒出轮廓并贴上标签，状态栏中将显示“所选车道n”。
• 对剩余的每条车道重复上一步。
• 选择“Gels”>“Plot Lanes”（绘制车道）（3）以生成车道纵断面图。
• 使用直线选择工具绘制基线和/或下降线，以便每个感兴趣的峰值定义一个闭合区域（ImageJ将自动切换到直线工具）。请注意，可以按住Shift键将线约束为水平或垂直。要访问所有通道，可能需要使用滚动工具垂直滚动图像。
• 对于每个峰值，使用魔杖工具在峰值内部单击以测量其大小。如有必要，请按住空格键并拖动以垂直滚动图像。
• 选择Gels>Label Peaks以标记每个测量峰值，其大小为测量峰值总大小的百分比。

30.14 Tools

此子菜单提供对各种图像分析插件的访问。

30.14.1 Save XY Coordinates

将活动图像中所有非背景像素的XY坐标和像素值写入文本文件。背景假设为图像左上角的像素值。对于灰度图像，每行写入三个值（x、y和值），用空格分隔。对于RGB图像，每行写入五个值（x、y、红色、绿色和蓝色）。坐标系的原点位于图像的左下角。如果未选中抑制日志输出，则非背景像素的数量和百分比将打印到日志窗口。

30.14.2 Fractal Box Count

估计二进制图像的分形维数（D）。D可以用作模式复杂性（细胞形状、血管形成、纹理等）的度量，并且在欧几里得度量（如直径或长度）不是很好的复杂性描述符的情况下特别相关。X轴上的大小日志和Y轴上的计数日志生成了一个图，数据用一条直线拟合。线的斜率（S）是分形维数的负值，即D=斜率。“大小”（S）和“计数”（C）将打印到结果表中。有关更多信息，请参阅源代码。

30.14.3 Analyze Line Graph

此命令使用粒子分析器从数字化折线图中提取坐标数据集。以下步骤描述了如何使用它：

• 打开包含图形的图像。为了练习，请使用File>Open Samples>Line Graph (21K)”示例图像。确保您的图形是灰度图像。分析折线图将假设图形显示在白色背景上，因此必须事先调整背景较暗的图像。
• 使用“颜色选择器工具”或“颜色选择器”窗口将背景色设置为白色。使用任何区域选择工具作为橡皮擦（按Backspace键擦除），以隔离要测量的单个图形曲线。或者，使用其中一种绘图工具（铅笔或画笔）直接以背景色绘制。
• 打开Threshold[T]工具（Shift T）并调整阈值级别，使曲线高亮显示为红色。
• 使用魔杖工具选择曲线，然后运行Edit>Clear Outside以擦除画布上除曲线以外的所有内容。
• 在阈值小部件仍高亮显示该线的情况下，运行Analyze>Tools>Analyze Line Graph以获取跟踪线的XY坐标
• 在新获得的绘图上，选择“列表”、“复制”或“保存”（这些命令在plot Profile[k]中有描述），将曲线坐标导出到电子表格应用程序中。除非已使用Analyze>Set Scale或Image>Properties对数字化图形进行了空间校准，否则导出的值将以像素坐标制成表格。

30.14.4 Curve Fitting

ImageJ的CurveFitter提供了一个简单的工具，用于使用改进的多线程单纯形算法将各种函数拟合到X和Y数据。这种策略（一种迭代方法）是一种“试错”过程，其中以系统的方式调整拟合模型的参数，直到方程尽可能接近数据。它通过以下步骤进行：1）对所有非线性参数进行第一次猜测；2） 计算模型，将其与数据集进行比较，并计算拟合误差；3） 如果拟合误差较大，CurveFitter将系统地更改参数并返回步骤2）。当满足拟合精度时，循环停止，在困难的情况下，这种情况可能永远不会发生。在后一种情况下，该过程在一定次数的迭代或重新启动后终止。此命令的典型用法如下所示：

• 在输入窗口中输入或复制表格数据，或者单击“打开”按钮打开两列文本文件。值可以用空格、制表符、逗号或分号分隔。
• 从下拉菜单中选择要配合的功能。有几个内置功能可用。通过选择用户定义，也可以使用最多六个参数的用户定义函数。请注意，对于用户定义的函数，不会通过线性回归来消除参数。因此，自定义函数的性能与内置函数的性能并不完全匹配。
• 按下Fit（拟合）按钮后，ImageJ会显示一个数据图，其中包含CurveFitter中所示的拟合曲线。如果选中“显示设置”，则有关拟合的详细信息（包括拟合优度测量）将打印到“日志窗口”，并提示用户重新调整单工拟合选项，即：
  - Maximum number of iterations：CurveFitter将尝试改进参数值以获得最佳拟合的最大迭代次数。通常，算法在达到默认值之前达到最优收敛。
  - Number of restarts：为了确保结果是可信的（即，它确实做到了，没有“卡住”或找到局部最小值），CurveFitter至少两次尝试找到不同起点的最小值。如果两个结果不相同，则“重新启动次数”决定启动两次额外运行的频率，直到最佳的两个结果在容错范围内一致。除了最大迭代次数外，重新启动的次数没有限制。
• 单击Apply（应用）创建使用所选函数转换的当前图像的32位副本。

30.14.5 ROI Manager

ROI（感兴趣区域）管理器是一个用于处理多项选择的工具。选择可以来自图像上的不同位置、堆栈的不同切片或不同图像。支持所有选择类型，包括点、线和文本。

• Add：单击“添加”将当前选择添加到列表中，或按Edit>Selection>Add to Manager命令的键盘快捷键T。ROI经理创建一个由三部分组成的标签。第一部分（仅堆栈）是切片编号，第二部分是选择的Y坐标，第三部分是X坐标。单击标签以将关联的选择恢复到当前图像。使用堆栈时，所选内容将恢复到其来源的切片。按住Shift键，同时单击“添加”到“添加并绘制”。按住Alt键，同时单击“添加”以“添加并重命名”。
• Update：用当前选择替换列表中选定的ROI，更新Stacks和Hyperstacks中ROI的z/t位置。
• Delete：从列表中删除选定的ROI。如果未选择任何ROI，则删除所有ROI。
• Rename：重命名所选ROI。如果在“更多选项”对话框中选中“使用ROI名称作为标签”，则所选字符串将用作标签（标签复选框）。也可以使用Properties（属性）按钮重命名选定的ROI。请注意，虽然不可能同时重命名多个ROI，但可以使用ROI管理器工具重命名多个ROI。
• Measure：测量所选ROI，或者如果未选择ROI，则测量列表上的所有ROI。使用Analyze>Set Measurements来指定测量参数。
• Deselect：取消选择列表中任何选定的ROI。如第二十五节所述，在ROI Manager中选择ROI，当项目被取消选择时，随后的ROI Manager命令将应用于所有ROI。
• Properties：类似于Edit>Selection>Properties [y]”，打开一个对话框，可以在其中指定特定宽度或填充颜色的轮廓颜色（笔划颜色）。将“笔划宽度”设置为0，以使用一个像素的宽度绘制选择，而不考虑图像放大率。如前所述，选择既可以填充也可以轮廓化，但不能同时填充和轮廓化。九种默认选择颜色（黑色、蓝色、青色、绿色、品红色、橙色、红色、白色、黄色）可以通过文本输入。必须使用十六进制表示法指定任何其他颜色。
• Flatten：Image>Overlay>Flatten的别名。
• Show All：切换所有ROI Manager套印格式的显示。如果标签处于活动状态，ROI也将被标记。选中“全部显示”后，可以通过Alt点击、Control点击或长按（1/4秒或更长时间）重新激活ROI。被移动或编辑的重新激活的选择将自动更新。当Show All（显示全部）处于活动状态且ROI Manager（ROI管理器）窗口关闭时，将显示一个对话框，提供通过运行image（图像）>overlay（覆盖）>From ROI Manager（从ROI管理器中）将显示的ROI移到图像覆盖来保存的选项。将图像保存为tiff时，套印格式存储在tiff标头中，以后可以使用Image>Overlay>To ROI Manager进行检索。
• Labels：切换“全部显示”显示的覆盖标签。使用“更多标签…”自定义标签，Image>Overlay>Labels的快捷方式。
• More：显示包含多个附加命令的下拉菜单：
  - Open：打开一个.roi文件并将其添加到列表中，或者打开一个ZIP存档（.ZIP文件）并将其中包含的所有选择添加到列表。
  - Save：将选定的ROI保存为.ROI文件。如果未选择ROI，则将ROI Manager的所有选择保存在ZIP档案中。
  - Fill：Edit>Fill的别名。
  - Draw：Edit>Draw的别名。
  - AND：在选定ROI上使用连词运算符来创建复合选择。如果未选择任何ROI，则会考虑所有ROI。
  - OR (Combine)：在选定ROI上使用并集运算符来创建复合选择。如果未选择任何ROI，则合并所有ROI。
  - XOR：在所选ROI上使用异或运算符来创建复合选择。如果未选择任何ROI，则会考虑所有ROI。
  - Split：将当前选择（必须是复合选择）拆分为其组成部分，并将其添加到ROI Manager中。
  - Add Particles：将粒子分析器分割的对象添加到ROI管理器中。要求在Analyze>Analyze Particles对话框中选中“记录开始”。通过选中“分析粒子”对话框中的“添加到管理器”，也可以将粒子分析器对象添加到ROI管理器。
  - Multi Measure：测量堆栈中所有切片上的所有ROI，创建一个结果表，每个切片一行（如果对话框中选中“每个切片一行将”）或每个测量一行。
  - Multi Plot：在单个图形上的选定ROI上运行Analyze>Plot Profile[k]。如果未选择任何选项，则会打印所有选择。当绘制少于七个选择时，会绘制彩色线：蓝色（ROI 1）、绿色（ROI 2）、品红色（ROI 3）、红色（ROI 4）、青色（ROI 5）和黄色（ROI 6）。具有更多选择的配置文件以灰色色调绘制。虽然Analyze>Plot Profile[k]需要直线或矩形选择，但Multi-Plot通过首先运行Edit>selection>Area to line（编辑>选择>区域到线）接受所有类型的选择，该操作将面积和徒手ROI转换为直线选择。
  - Sort：按字母数字顺序对列表进行排序。
  - Specify：Edit>Selection>Specify提示的别名，该提示允许在特定位置创建区域ROI。
  - Remove Slice Info：删除ROI名称中与特定堆栈切片相关联的信息。
  - Help：http://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html#manager
  - Labels：Image>Overlay>Labels的别名，其允许在“全部显示”处于活动状态时自定义选择标签。
  - List：打印一个表格，详细说明存储在管理器中的ROI的属性，包括：索引、名称、ROI中心的XY坐标（像素）和笔划颜色。
  - Options：显示一个对话框（如ROI Manager中所示），允许您设置几个ROI Manager设置。

30.14.6 Scale Bar

绘制带标签的空间校准条。

• Width：以校准单位表示的bar长度。
• Height：条形图的高度（以像素为单位）。
• Font Size：调整比例尺标签的字体大小。
• Color：调整文本颜色。
• Background：调整标签文本框的填充颜色。
• Location：调整校准杆的位置。如果有选择，则最初会在选择处绘制条形图。
• Bold Text / Serif Font：指定标签是否应设置为粗体/衬线字体。
• Hide Text：如果选中，则绘制的条形图没有标签。
• Overlay：如果选中，则将条形图创建为非破坏性图像覆盖。如果未选中，则会侵入性地绘制比例尺。

30.14.7 Calibration Bar

创建当前图像的RGB副本，并在其上显示带标签的校准条。

• Location：定义条的位置。如果区域选择处于活动状态，则最初会在该选择处绘制条形图。
• Fill Color：定义条形图的背景颜色。
• Label Color：调整文本颜色。
• Number of Labels：调整显示的值的总数。
• Decimal Places：调整标签中的小数位数。
• Font Size：调整标签字体大小。
• Zoom Factor：放大整个校准条画布。输入一个小于1的值以减小条形图的大小。

校准条宏可用于将校准条添加到堆栈或文件夹中的所有图像和堆栈。

30.14.8 Synchronize Windows

在多个窗口之间同步鼠标运动和输入，以便在一个图像中绘制的ROI在所有其他同步窗口中复制。同步光标指示鼠标在同步窗口集中的位置。

• Synchronized window set：此列表中指定了要同步的图像，其中包含所有打开的图像。要选择连续的一组图像，请单击第一个项目，按住Shift键，然后单击最后一个项目。或者，单击第一个项目并将其拖过。要选择非连续图像，请按住Ctrl键，然后单击要选择的每个项目。使用“全部取消/同步”按钮取消/选择所有列出的图像。
• Sync cursor：如果选中，光标将在选定图像之间同步，鼠标指针将变为红色X形光标。取消选中时，鼠标移动将限制在活动图像上。
• Sync channels：如果选中，通道滑块（c）将在同步的窗口集上同步。
• Image coordinates：如果选中，将使用空间校准单位，而不是像素坐标。为了正确注册，在同步具有不同像素大小的图像时应取消选中此选项。
• Sync z-slices：如果选中，深度滑块（z）将在同步的窗口集中同步。
• Sync t-frames：如果选中，则帧滑块（t）将在已同步的窗口集中同步。
• Image scaling：如果选中，则通过屏幕外坐标转换到不同窗口的位置，从而在不同的缩放级别下提供正确的配准。