R语言

R语言实操记录——R包无法安装，报错：Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found

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一、起因

R语言在包的安装上是真的方便，一句install.packages()就可以实现绝大多数包的安装。可惜，越简单的东西，报起错来也越是要命。

• 我在加载Seurat包时，报错提醒我缺少依赖包rgeos。
  • 行呗，那就install.packages()呗。
• 开始报错 package ‘rgeos’ is not available for this version of R”。
  一般原因有两个：
  1. 该版本的R数据库中不含该包（淘汰或改名了）
  2. 该软件包可用，但不适用于当前版本的R或操作系统类型（Unix/Windows）
  • 解决办法：
  1. 用Bio conductor或者Github的安装方法安装，具体操作
  2. install.packages(pkgs, repos = “换个镜像源”)
  3. 直接去官网下载压缩包，进行本地安装
• 再加载一遍Seurat包，开始报错：Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in library.dynam(lib, package, package.lib): 没有这个DLL ‘rgeos’：是不是没有为此架构安装？好家伙，还是没安上。我怀疑了一下，是不是包的版本和软件版本有冲突，或者rgeos和Seurat两个包的版本起冲突了，更改了几次，还是报错。于是我就去看了下，安装包时输出的log。
• 报错Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found
• 具体错误：

** installing *source* package 'rgeos' ...
** 成功将'rgeos'程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** libs

Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'rgeos'
* removing '.../R/4.2/library/rgeos'
Warning in install.packages :
installation of package ‘rgeos’ had non-zero exit status

• 这个make命令是RTools中的，我更新了RTools，配置了make命令的环境变量就可以本地安装rgeos包了。
  • Rtools：一个用于Windows操作系统的软件包，它为R编程语言提供了一套工具和依赖项，以便在Windows上进行编译和构建R软件包。 Rtools的安装和配置使得开发人员能够在Windows环境中更轻松地编译和构建R包，同时也方便了使用C/C++或Fortran等其他编程语言编写的扩展包的安装和使用。
  • 下面是具体步骤

二、具体步骤

2.1、确认问题源

> Sys.which("make")
make 
"" 

确认找不到make命令，make命令在RTools中

2.2、安装RTools

安装与当前R版本匹配的RTools版本，有两种方法（如果先前安装过RTools，先卸载RTools）

• 方法一：在线安装

install.packages("installr")
install.packages("stringr")###依赖包
library(stringr)
library(installr)
## 需要用installr安装RTools
install.Rtools()

• 方法二：本地安装
  去官网找与当前R版本匹配的安装包，除开需要将RTools安装在R（Rstudio）一个目录中外，其他一直点击下一步就行了。
  
  

2.3、与R(/Rstudio)绑定

假如忘记安装在同一目录下，或者R（/Rstudio）还是找不到make命令在哪的话，我们就需要将二者进行绑定，告诉它RTools的路径在哪。有两种方法。

• 方法一：创建一个Renviron文件，指明Rtools主页的路径
  在Rstudio中运行：（这里以RTools 4.3为例）

writeLines('PATH="${RTOOLS43_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

完成之后，重启一下Rstudio

• 方法二：配置环境变量
  直接配置环境变量，开机就读取这个目录。
• 这里以Windows10为例，在Windows设置中点击系统
  
• 选择关于—高级系统设置
  
• 选择环境变量
  
• 在编辑Path，在Path中添加RTools的路径
  
  
• 如果先前有下载过RTools，需要检查并清除掉个人变量和系统变量中旧版本的RTools的目录路径。

2.4、验证可行性

> Sys.which("make")
                              make 
"c:\\rtools43\\usr\\bin\\make.exe" 

install.packages("C:/Users/16748/Downloads/rgeos_0.6-4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

可以成功本地安装了。

三、疑惑

虽然解决了问题，可是我还是存在疑惑。在知道是RTools那边出问题后，我先是在应用程序中，找到了RTools，确定我安装了与Rstudio当前版本匹配的RTools版本，并且前不久才刚刚用过本地安装，理论上不应该会出错。想不通就干脆卸了重装好了，在卸载RTools时，发现应用程序中有它，但是卸载时提示找不到该程序，进入文件目录也确实找不到该包，重启电脑，重新加载还是一样的问题。emmm，好吧，就当它不存在吧，我换个版本吧。为了和新版本的RTools匹配，我又升级了Rstudio，R到最新版。RTools需要和R包的库放在一个目录下，方便加载，但是在安装新版时，提示当前目录下已安装过RTools，请换个目录。emmm，所以旧版的RTools真的存在啊，我翻来倒去都没找到。无奈，换个目录吧，在环境变量里，把这个目录加进去，也能成功加载。虽然最后还是解决了问题，但这种看不见的还解决不了的东西，真叫人心累。