颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的
相关软件,比如gapit,rMVP,都会自动出图,而GEMMA,GCTA则是需要后期自己作图。无论是软件自动出图,还是需要自己作图,学习根据GWAS结果手动作图都是必须的,我们一般使用qqman作图,因为这个软件函数很方便,它的图:安装qqman软件# Install the stable release from CRAninstall.packages("qqman")# 直接从Github上
相关软件,比如gapit
,rMVP
,都会自动出图,而GEMMA
,GCTA
则是需要后期自己作图。
无论是软件自动出图,还是需要自己作图,学习根据GWAS结果手动作图都是必须的。
我们一般使用qqman
作图和cmplot
两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图,后者颜色更漂亮。
这篇博客,介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。
第一个是qqman
, 因为这个软件函数很方便。
安装qqman软件
# Install the stable release from CRAn
install.packages("qqman")
# 直接从Github上安装
devtools::install_github("stephenturner/qqman")
# 从Github上安装最新的开发版
devtools::install_github("stephenturner/qqman",ref="dev")
如果你只知道qqman,而不知道cmplot的话,这说明你还不太专业。
安装cmplot代码
install.packages("CMplot")
看一下cmplot包的出图:
另外,cmplot也可以出这样的图:
示例数据
使用qqman中的gwasResults数据集:
library(qqman)
data("gwasResults")
dat = gwasResults
head(dat)
str(dat)
table(dat$CHR)
第一列是SNP的ID,第二列是染色体,第三列是物理位置,第四列是P值。
共有16470个SNP数据,共有22条染色体。
qqman作图
QQ图绘制
这里,只需要一列P值即可。
qq(dat$P)
曼哈顿图
如果数据结构如上所示,直接调用数据即可:
manhattan(dat)
当然,更通用的是指定染色体、物理位置、P值:
manhattan(dat,
chr = "CHR", # 染色体
bp = "BP", # 物理位置
p = "P", # P值
)
这里,还可以设置阈值线,默认是5和8:
suggestiveline
Where to draw a “suggestive” line. Default -log10(1e-5). Set to FALSE to disable.
genomewideline
Where to draw a “genome-wide sigificant” line. Default -log10(5e-8). Set to FALSE to disable.
cmplot作图
我们用同样的数据,使用cmplot作图。
qq图绘制
CMplot(dat,plot.type = "q",threshold = 0.05)
对比一下cmplot
和qqman
的QQ图:可以看到,cmplot的QQ图更好看,而且还有置信区间!666
曼哈顿图:
代码:
CMplot(dat,plot.type = "m",threshold = c(0.01,0.05)/nrow(dat),threshold.col=c('grey','black'),
threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T,
signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"))
比较一下两个软件的曼哈顿图:可以看到,cmplot的作图更好看,不同染色体不同的颜色,不同阈值的结果不同的颜色。
高级作图
SNP密度图
CMplot(dat,plot.type = "d",bin.size = 1e6, col = c("darkgreen","yellow","red"))
环形曼哈顿图:
CMplot(dat,plot.type="c",r=0.5,threshold=c(0.01,0.05)/nrow(pig60K),cex = 0.5,
threshold.col = c("red","orange"), threshold.lty = c(1,2),amplify = T, cir.chr.h = 2,
signal.cex = c(2,2), signal.pch = c(19,20), signal.col=c("red","green"),outward=TRUE)
注意,这个图,很多参数都是默认的,具体还可以再设置美观一下,但是轮廓图是有了!
合并密度图和圆形曼哈顿图:
CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),sep=""),
threshold=c(1e-6,1e-4),cir.chr.h=1.5,amplify=TRUE,threshold.lty=c(1,2),threshold.col=c("red","blue"),signal.line=1,signal.col=c("red","green"),chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),
bin.size=1e6,outward=FALSE,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)
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