MES系统不是孤立存在的，在企业内外存在大量的信息化系统，不同系统间存在业务间的协作，因此需要MES参与到系统间的集成。由于企业业务的动态变化，导致MES与其它系统间的集成关系难以固定，从而带来系统间集成关系的重构。

MES系统的集成需求主要分为四类，分别是与产品设计开发信息化系统的集成需求，与经营管理信息化系统的集成需求，与外部制造平台的集成需求和与车间设备控制层集成需求。

（一）MES系统与设计开发信息化系统的集成，能够纵向上支持多样产品设计与制造各环节的数据共享和业务协同，使企业从研发设计到车间制造摆脱手工纸质业务管理和信息传递（设计图纸和工艺技术文件等），实现车间制造生产无纸化，从而增强产品设计制造能力。

（二）MES系统与经营管理信息化系统的集成，能够纵向上支持管理基础数据、业务数据和关键制造流程的一体化集成运行，使企业从经营管理到车间制造摆脱手工纸质业务记录（各种帐表）、业务管理和信息传递，达到降低成本、提高运营管理效率的目的。

（三）MES系统与外部制造平台的集成，能够支持系统全程深入参与到产业链中去，实现企业空闲制造能力的有效利用，提高企业对外部客户需求的响应速度，满足跨企业的业务协同需求，增大企业在市场竞争中的优势。

（四）MES系统与车间设备控制层的集成，能够支持产品加工过程在线监控、设备运行监测，以及基于多功能交互式信息终端的生产进度信息、质检信息、物料信息和工人信息等的制造过程信息交互。

随着企业信息化的发展和外部环境的变化，MES系统一方面要维持与已有信息化系统的集成关系，另一方面还必须具有灵活应对未知集成需求的能力，从而需要MES的集成实现能够进行动态调整重构，满足异构系统间松耦合的信息集成和服务集成需求。