RDKit简介

RDKit官网:https://www.rdkit.org/
RDKit是干啥的:https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#what-is-it
言简意赅的翻译一下:

  1. RDKit是一个化学信息学的开源工具包
  2. 主要用于操作化学分子(SMILES和SMARTS)
  3. 可生成适合机器学习的化学分子特征
  4. 拥有Python 3.x API和C++ API

Win10下RDKit安装使用(Python API)

  1. 下载Anaconda 3.x版本的Python:
    https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Windows-x86_64.exe
  2. 安装完成后打开Anaconda Prompt: 并在命令行输入以下命令:
    conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
  3. 等上述命令完成后,接着激活rdkit的使用环境,进入rdkit模式
    conda activate my-rdkit-env
  4. 如果在rdkit环境中需要使用常见模块,请另行使用pip install xxx安装,如:
    pip install numpy
  5. 关闭命令行(Anaconda Prompt)窗口。
  6. 利用Spyder打开rdkit的文本编辑环境,安装好my-rdkit-env之后,在菜单栏的Anaconda3 (64-bit)文件夹下,应该会出现Spyder (my-rdkit-env)图标,点击即进入有rdkit环境的Spyder,否则会进入base状态的Spyder。

如图所示:
在这里插入图片描述

参考资料:https://www.rdkit.org/docs/Install.html

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