R语言复现一篇2012年生物网络标志物的文献(3)
该文献的题目是:Identifying disease genes and module biomarkers by differential interactions本文受益于R的开源,受限于本人的能力和水平,也没有在github等平台上找到作者的代码,故通过综合各种信息写了这些代码,至少我自己用R最新版是能跑出来的。
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该文献的题目是:Identifying disease genes and module biomarkers by differential interactions
本文受益于R的开源,受限于本人的能力和水平,也没有在github等平台上找到作者的代码,故通过综合各种信息写了这些代码,至少我自己用R最新版是能跑出来的。复现一篇2012年生物网络标志物的文献(3)
第四步之前的疾病对照组结合获得的基因
rm(list = ls())
load(file = "step2output.Rdata")
load(file = "step4output.Rdata")
install.packages(c("STRINGdb"),ask = F,update = F,force = TRUE)
library(STRINGdb)
remain_early1 <- c("symbol",rownames(early_phase_control)) #获得早期控制组需要保留的样本
expr_early_contol <- symbol2express[,colnames(symbol2express) %in% remain_early1]
#从基因表达和symbol里得到需要保留的早期control列
remain_early2 <- c("symbol",rownames(early_phase_disease))
expr_early_disease <- symbol2express[,colnames(symbol2express) %in% remain_early2]
remain_middle1 <- c("symbol",rownames(middle_phase_control))
expr_middle_control <- symbol2express[,colnames(symbol2express) %in% remain_middle1]
remain_middle2 <- c("symbol",rownames(middle_phase_disease))
expr_middle_disease <- symbol2express[,colnames(symbol2express) %in% remain_middle2]
remain_late1 <- c("symbol",rownames(late_phase_control))
expr_late_control <- symbol2express[,colnames(symbol2express) %in% remain_late1]
remain_late2 <- c("symbol",rownames(late_phase_disease))
expr_late_disease <- symbol2express[,colnames(symbol2express) %in% remain_late2]
save(expr_early_contol,expr_early_disease,expr_late_control,expr_late_disease,expr_middle_control,expr_middle_disease,file = "step5output.Rdata")
表达和基因名
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